Стефан Аврамов е дългогодишен експерт защитени територии и опазване на видове на Българска Фондация Биоразнообразие. Участва в създаването на съвременната мрежа от защитени територии в Източните Родопи от името на Българо-швейцарската програма за опазване на биологичното разнообразие в края на 90-те години. Участва в няколко успешни кампании на български НПО за подобряване на Закона за биологичното разнообразие, Закона за лова и опазване на дивеча, Закона за рибарството и аквакултурите, Закона за защитените територии, Закона за горите и Наказателния кодекс, както и техните подзаконови нормативни актове. Работил за опазването на множество изчезващи видове като лешояди, сухоземни костенурки, дива коза и др. Представител на българските екологични неправителствени организации в Националния ловен съвет към Изпълнителната агенция по горите от 2001. Член на европейската секция на Дружеството за консервационна биология (SCB) от 2006 и на Световната работна група за защитените територии към Международния съюз за защита на природата (WCPA/IUCN).